Rodrigo fiz o teste nas bases de teste e ocorreu tudo certo, mas me deparei com o seguinte problema.
Quando é feito o pagamento de uma nota com ISS eles estão fazendo uma retenção manual no contas a pagar o que o sistema entende como um desconto.
O correto seria a retenção ser feita na NF eu acredito, verifiquei que na configuração de impostos retidos na fonte a categoria está correta Nota Fiscal.
Você tem alguma documentação que ensine a parametrização completa para que o ISS já chegue retido no contas a pagar e eu não tenha esse problema.